События картины «Все началось в Харбине...» разворачиваются сначала в период времени с 1929 по 1956-й годы. Это повествование о жизни одной из миллионов советских семей, в чьи судьбы неумолимо вторгается большая история, их попытках выжить, сохранить любовь и семью под прессом репрессивной системы. В основе сюжета сложная, полная драматических событий судьба Бориса Эйбоженко (Данила Козловский), сына сотрудника Китайско‑Восточной железной дороги, сумевшего пережить революцию, эмиграцию, гонения, долгие годы заточения и потерю любимой. История завязывается в 1929 году в Харбине в один из самых драматичных моментов в истории Китайско‑восточной железной дороги. Борис Эйбоженко (Данила Козловский) и его младший брат Володя (Филипп Ершов) ведут беззаботную жизнь обычных подростков. Но их семью в результате политически неверного поступка отца записывают в неблагонадежные советскому режиму. Отец (Игорь Иванов) вынужден уйти с дороги. Между Борисом и дочерью начальника станции (Игорь Скляр) Людой Ержановой (Аня Чиповская) начинается роман. Но Люда вскоре сбегает из Харбина с другим — бывшим белогвардейским офицером (Никита Ефремов). В 1932 году власть в Харбине переходит к японским оккупантам и все кавэжединцы вынуждены вернуться в СССР. Всех «харбинских» знакомых и друзей семьи Эйбоженко подвергают арестам. А вскоре арестовывают отца, а затем мать (Дина Корзун), младшего брата Володю и самого Бориса... На долгие годы Борис расстается с родными. Роковую роль в его судьбе сыграет комиссар ОГПУ Крахмальников (Владимир Епифанцев), которому суждено как сломать, так и спасти жизнь Борису...