Каллум Линч бывший преступник, который приговорен к казни. После приведения приговора в исполнение, Линча оживляют в специальной лаборатории. Благодаря встроенному в него устройству под названием Анимус, он получает возможность вспомнить и прочувствовать все, что переживал в свое время его предок Агилар в Испании 15-го века. Накопив невероятные знания и навыки, он вступает в противостояние с могущественной и жестокой организацией тамплиеров в наши дни.