Однажды, а может быть дважды, в чудесной красочной музыкальной стране под названием Пепперленд появились злобные Синие Злюки. Они принялись замораживать всех направо и налево, а хуже всего было то, что они заморозили Ансамбль Клуба Одиноких Сердец Сержанта Пеппера — главную музыкальную силу Пепперленда. Юный Фред забирается в Желтую Подводную Лодку и плывет на поиски Музыки, которая прогонит Синих Злюк. Он встречает группу The Beatles, и они соглашаются плыть с Юным Фредом в Пепперленд, чтобы помочь жителям вновь обрести волшебство Музыки и победить Синих Злюк. По пути они встречают Человека Ниоткуда — доктора наук Джереми Хиллари — и путешествуют по различным морям — Морю Времени, Морю Науки, Морю Монстров и Морю Дырок. В Пепперленде Битлз вновь пробуждают своей музыкой всё живое, в том числе и Ансамбль Сержанта Пеппера, и принимают в этот прекрасный мир раскаявшихся Синих Злюк. В последнем эпизоде мы видим уже настоящих, ненарисованных битлов, вернувшихся домой из Пепперленда с сувенирами: мотором Подводной Лодки, половинкой дыры из Моря Дырок и небольшой частичкой любви.