Кто бы мог подумать, что на обыкновенной кухне может поместиться целый город со своими небоскребами, школами, транспортом и маленькими жителями? Этот город называется Микрополис, он настолько мал, что разглядеть его можно только под микроскопом. Каждая серия рассказывает историю дружбы и противоборства на просторах «Великой Кухни» двух кланов: микробики Крошка Ми, Микрошка и их друзья против токсинов Таксончика, Босса, Т‑70 и других. Героев ждет масса приключений, из которых зритель узнает, откуда берутся микробы, какие бактерии полезны, а каких нужно избегать.