Отряд специального назначения «Нерпы» направляют в Калининград на засекреченную военную базу, где случилась авиакатастрофа, унёсшая жизни нескольких бойцов местного регионального спецназа. Следственный комитет совместно с ФСБ пытаются выяснить причину произошедшего. «Нерпам» предстоит взять на себя обязанности погибших бойцов и действовать по возможности автономно, чтобы пресечь возможность вмешательства враждебных сил.