Архимандрит Иоанн Попов был рукоположен в епископы с титулом Белгородский в Елоховском соборе Москвы 4 апреля 1993 года. Самый молодой на тот момент епископ стал викарным Курско‑Белгородской епархии. Через 2 года, когда была образована белгородская кафедра, владыка стал носить титул епископа Белгородского и Старооскольского. В 1999 году возведён в сан архиепископа. В 2012 году — в сан митрополита.