Сын моряка, 5-летний Сосукэ живёт со своей мамой в доме на утёсе. В один прекрасный день он обнаруживает на берегу золотую рыбку в стеклянной банке. Мальчик даёт ей имя Поньо. Но оказывается, что она не простая рыбка, а дочь могущественного волшебника и морской богини. Используя магическую силу своего отца, Поньо превращается в девочку, тем самым нарушая равновесие в мире. Когда отец рыбки начинает посылать к берегам огромные волны, чтобы найти свою дочь, ребятам предстоит не только спасать мир, но и постараться воплотить мечту Поньо стать человеком.