В прогрессивной Японии будущего один эксперт по роботам и глава проекта «Ковчег» создал робота Кикайдера. Жизнь шла успешно, пока гений не умер, оставив за своей смертью одни лишь загадки. Теперь цель Кикайдера — взять контроль над «Ковчегом», который начал менять своё направление деятельности от первоначальной идеи.