Спустя два года новички стали опытными шиноби в ранге чунин и джонин. Главные герои не сидели на месте — каждый стал учеником одного из легендарных Саннинов — трех великих ниндзя Конохи. Наруто продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Джирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунаде — нового вождя Деревни Листвы. Саске, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Орочимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.